Vitamino B12 malabsorbcijos simptomai išsivysto nuo pirmųjų vaiko gyvenimo mėnesių. Pastebimas silpnumas, blyškumas, atsilikęs fizinis vystymasis, viduriavimas. Neurologiniai sutrikimai pastebimi praėjus 6–30 mėnesių nuo pirmųjų simptomų atsiradimo: protinis atsilikimas, neuropatija, mielopatija.