Krymo hemoraginė karštligė skiriasi nuo kitų hemoraginių karštligių, gripo, leptospirozės, meningokokcemijos, vidurių šiltinės, chirurginių ligų su „ūminio pilvo“ sindromu; taip pat nuo trombocitopeninės purpuros (Verlhofo ligos), kuriai būdinga poūmė pradžia, temperatūros reakcijos nebuvimas, hemoraginis bėrimas nuo mažų petechijų iki didelių ekchimozių galūnių, liemens lenkiamuosiuose paviršiuose, dažnas kraujavimas iš nosies ir kitoks kraujavimas, hipochrominė anemija, leukocitozė, trombocitopenija ir širdies ir kraujagyslių sistemos pokyčių nebuvimas.
