Naujagimių aloimuninė, arba izoimuninė, neutropenija vaisiui pasireiškia dėl vaisiaus ir motinos neutrofilų antigeninio nesuderinamumo. Motinos izoantikūnai priklauso IgG klasei, jie prasiskverbia pro placentos barjerą ir sunaikina vaiko neutrofilus. Izoantikūnai dažniausiai yra leukoagliutininai, jie reaguoja su paciento ir jo tėvo ląstelėmis, nereaguoja su motinos ląstelėmis.