Kokliušas sukelia B. pertussis – gramneigiamos mažos lazdelės (kokobakterijos). Jos turi gležną kapsulę, yra nejudrios, griežtai aerobinės, labai jautrios išoriniam poveikiui: tiesioginiai saulės spinduliai sunaikina per 1 valandą, dezinfekavimo priemonės – per kelias minutes, išskiria egzotoksiną (kokliušo toksiną, limfocitozę stimuliuojantį faktorių).