Kai kurių tipų autoimuninio hepatito priežastis nėra aiškiai nustatyta, o kiti yra susiję su žinomais sukėlėjais, tokiais kaip tieno rūgštis (diuretikas), arba su tokiomis ligomis kaip hepatitas C ir D. Apskritai, nežinomos etiologijos autoimuninis hepatitas turi dramatiškesnį klinikinį vaizdą, pasižymi didesniu serumo transaminazių aktyvumu ir γ-globulino kiekiu, kepenų histologija rodo didesnį aktyvumą nei žinomos etiologijos atvejais, ir geresniu atsaku į gydymą kortikosteroidais.