Apatinių galūnių giliųjų venų trombozę gali lemti daugelis veiksnių. Apatinių galūnių giliųjų venų trombozė dažniausiai atsiranda dėl sumažėjusio veninio kraujo grįžimo (pvz., imobilizuotiems pacientams), endotelio pažeidimo, disfunkcijos (pvz., po kojų lūžių) arba padidėjusio krešėjimo.