Dažniausios pielonefrito priežastys yra Entembacteriaceae šeimos atstovai (gramneigiamos lazdelės), iš kurių Escherichia coli sudaro apie 80% (ūminiais nesunkiais atvejais); retesni patogenai yra Proteus spp., Klebsiella spp., Enterobacter spp., Citrobacter spp.