Dažniausiai pseudomembraninis kolitas išsivysto dėl ilgalaikio antibiotikų ampicilino, linkomicino, klindamicino, cefalosporinų, rečiau – penicilino, eritromicino, chloramfenikolio, tetraciklino vartojimo. Clostridium difficile yra sporas formuojanti gramteigiama anaerobinė lazdelė, galinti gaminti dviejų tipų egzotoksinus: toksiną A ir toksiną B. Yra keturios pagrindinės pseudomembraninio kolito, susijusio su C. difficile, priežastys.