Meningokokinės infekcijos gydymas priklauso nuo klinikinės ligos formos. Nazofaringito atveju terapija yra simptominė. Jei diagnozė patvirtinama bakteriologiškai, 3 dienas vidutinėmis terapinėmis dozėmis vartojami benzilpenicilinas, ampicilinas, pirmos ir antros kartos cefalosporinai, chloramfenikolis, pefloksacinas. Nereikėtų vartoti ko-trimoksazolo ir aminoglikozidų, kuriems dauguma šiuo metu egzistuojančių meningokokų padermių yra atsparios.