Įgimtos citomegalovirusinės infekcijos atveju vaisiaus pažeidimo pobūdis priklauso nuo infekcijos laikotarpio. Ūminė citomegalovirusinė infekcija motinai per pirmąsias 20 nėštumo savaičių gali sukelti sunkią vaisiaus patologiją, dėl kurios gali įvykti savaiminis persileidimas, vaisiaus žūtis gimdoje, negyvagimis, atsirasti defektų, daugeliu atvejų nesuderinamų su gyvybe. Užsikrėtus citomegalovirusu vėlyvose nėštumo stadijose, vaiko gyvenimo ir normalaus vystymosi prognozė yra palankesnė.