Lėtinis ezofagitas, kaip taisyklė, išsivysto iš ūminio ezofagito ir praktiškai grindžiamas tais pačiais etiologiniais veiksniais. Jam būdingas negyjančių opų susidarymas, ilgalaikių uždegiminių procesų su randine stenoze atsiradimas, navikai. Lėtinis ezofagitas gali būti nespecifinis ir specifinis (tuberkuliozė, sifilis, aktinomikozė).