Visi probiotikai skirstomi į kelias grupes, priklausomai nuo to, kas yra klasifikacijos pagrindas. Probiotikas gali turėti kelis komponentus, šiuo atžvilgiu išskiriami monokomponentiniai preparatai, kuriuose yra tik vienas konkretus bakterijų tipas. Šie mikroorganizmai neabejotinai naudingi žarnynui, ypač mikroflorai.