Bipolinio afektinio sutrikimo gydymas daugiausia atliekamas normotiminiais vaistais („afekto stabilizatoriais“), tokiais kaip ličio, karbamazepino ar valproinės rūgšties. Tačiau kartais griebiasi ir palyginti naujų vaistų: olanzapino, risperidono, lamotrigino, gabapentino, kalcio antagonistų.