ŽIV infekuotų pacientų, sergančių AIDS stadijoje, prognozė yra nepalanki: liga vystosi esant labai silpnam imuniniam statusui, nėra veiksmingo etiotropinio gydymo, net ir taikant tinkamą patogenetinį ir antiretrovirusinį gydymą, CD4 limfocitų skaičius nespėja padidėti iki apsauginio lygio. Pacientams, kurių CD4 limfocitų skaičius normalus arba yra nedidelis imunodeficitas, prognozė yra palanki.