Kiekvienam pirminiam lipoproteinui būdingas individualus baltymas (apolipoproteinas), būdingas tik jam. Apolipoproteinai žymimi lotyniškomis raidėmis, o kai kurie iš jų žymi baltymų šeimą ir papildomai žymimi skaičiais (pavyzdžiui, apo-A1, apo-A2 ir kt.).